台北市副市长林奕华22日受访时坦言，论坛进度并未如预期顺利，两项MOU（合作备忘录）内容涉及中央部会及上海，相关细节尚未完全确定，希望能有更周延准备，因此择期举办，以确保论坛品质「办得好」而非「办得快」；此话一出，引起国民党议员批评陆委会阻挠双城论坛举办。
对此，陆委会解释，在合作备忘录审查期间，多次主动联系北市府，并持续、密切地沟通，积极协处相关主管机关，最终于19日获得共识，「预计出发前可以通过许可」，没有外界所谓「已读不回」或「阻挠阻碍」状况。
不过，台北市今劳动局表示，自8月28日将职业技能培训合作备忘录（下称职能培训MOU）送交中央主管机关后，9月24日获劳动部回文，建议就文字修正并重新进行申请；过程中陆委会、劳动部都曾口头要求来回修改内容，就算确认文字方向，北市还需将修订版提供上海方，双方须再次确认才能成为可签署的最终版，沟通时程上确实赶不及。
劳动局说明，自8月28日将职能培训MOU发文中央（正本：劳动部；副本：内政部、陆委会）后，陆委会于9月12日要求劳动部与市府进一步厘清合作范围，并在9月18日再次要求市府修订内容；9月19日市府与陆委会透过电话联络，晚间才口头确认初步文字方向，但仍没有达成足以完成最终法定程序的版本。陆委会要求修改名称、内容超过一半，依照规定，更改名称必须重新送出申请，考量时间紧迫，无法仓促送案。
最后，劳动局强调，双城之间需要务实交流，陆委会也多次表达对双城论坛乐见其成，期待获得中央政府给予明确的支持，达成「双城好、两岸好」的目标。
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