据《镜周刊》报导，目前对柯文哲最不利的是他6大亲笔指令，从他亲笔写下的便利贴可看出，他在第一任市长任期时，京华城就在争取容积率，不过柯当时未予放水，并要求合情、合法、合理，态度相当保守。
不过柯文哲第二任市长时期却改变了，他先是和沈庆京在威京集团及市长室密会破冰，接著又下指令给新任副市长彭振声，他要彭先整合都发局、法务局意见后，在市长室会议讨论，这也打脸他称京华城案没有进市长室的说法。
另外，柯文哲在京华城比较容积率与楼地板面积之差异的陈情书上，交办彭振声「原则很简单：公务员不坐牢」，检察官认为，可以证明他明知容积有价且京华城案利益庞大，并非自称的都不知情。
杀伤力最大的是，柯文哲在京华广场建物完工示意图上指示彭加速行政流程，「让他们早日完工就可以了」，他交办这张黄色便利贴时，是在北市府胜诉后，柯和彭才另辟途径，让京华城起死回生，无中生有改以细部计划变更以取得容积奖励，同样获得价值逾百亿元的近120284平方公尺楼地板面积。
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