南非政府分别在去年10月及今年1月两度致函台湾驻南非代表处要求迁离首都普利托利亚，继今年3月南非外交部官网将台湾代表处名称自「台北联络代表处」（Taipei Liaison Office）更改为「台北商务办事处」（Taipei Commercial Office），南非如今又删除台湾驻处资讯。
在南非外交部官网点选「国际关系」类目下「外国驻南非代表」资讯页，发现台湾不仅被归类在「国际组织」之下，「台北商务办事处」栏目下，位于普利托利亚的地址等联络资讯都已被删除，也未注明驻南非代表廖文哲。
南非外交部官网上，「台北商务办事处」不仅被归类在「国际组织」（International organisations）之下，而非「外国驻南非代表」（Foreign Representation in South Africa），资讯栏的地址也被改为约翰尼斯堡。其电邮网址也不是台湾外交部所属的@mofa.gov.tw，而是属于南非电信公司的@telkomsa.net。
此外，驻开普敦办事处的相关资讯仍在南非外交部官网上，也有注明驻开普敦办事处处长陈莹莉。在台湾外交部官网，驻南非代表处的地址仍是位于普利托利亚，相关联络资讯也都不变。
林佳龙今于「2025年『世界卫生大会』推案双部长记者会」中受访时表示，目前台湾驻南非代表处仍正常运作，对于南非外交部官网擅改名称、资料，外交部已与驻南非代表处交涉。
林佳龙说，去年以来，在中国的压力下，南非政府做了很多引起批评、抗议的事，连南非执政联盟的政府及政党，都表达反对南非外交部的片面行动。另外，包括美国政府、国会议员及行政部门也都有表达关切。
林佳龙指出，南非外交部持续有这些小动作，当然是来自中国的压力，外交部会持续捍卫台湾在南非代表处应有的权利 。双方外交协议都有白纸黑字，南非不能片面违反，违反这些协议也不具效力。目前台湾及南非持续双向沟通协商，以确保代表处正常运作为目标，台湾也会结合理念相近的国家发声。
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