蔡正元24日指出，赖清德发表所谓「台湾独立生态系理论」，说「台湾在几万年前就有长毛象、几千年前就有南岛语族」，他可能太忙没时间读书，犯了论述上的错误。
蔡正元说，赖清德说台南左镇早有「长毛象」，经事实查核结果，台湾是亚热带气候，不可能有寒带动物「长毛象」，台湾也不太可能有温带动物的「猛玛象」，台湾有的象类动物只有亚热带的「古菱齿象」，不知道谁给了赖清德错误的知识。
蔡正元续指，赖清德提到这个「独立生态系」有40万年，他可能真的不知道，现代人类出现不到30万年，40万年前的事跟现代人类毫无关系。第一批台湾人是30000年前的长滨人，已在15000年前消失，此后台湾岛就是无人岛；第二批台湾人是6500年前的大坌坑人，也在4000年前消失。
「在8000年以前，地球都处于冰河时代，海水大量冻结在南北极地区」蔡正元说，海水减少使海平面降低，降至现代海平面150公尺以下，而台湾海峡只有50公尺深，全部露出成为动植物可栖息的谷地。中国大陆的禽兽，包括长滨人、大坌坑人等人类，就大摇大摆走过「台湾地峡」进入台湾岛，「古菱齿象」就是其中之一。赖清德的论述反而证实，台湾的生态系是中国的一部分。
蔡正元也提到，赖清德批评原住民去中国大陆祭祖，还说「原住民是南岛语族的一部分，台湾是南岛语族的起源地，不应该去中国大陆祭祖...」蔡正元认为，赖清德真的没有时间读书，竟然不知道2022年，诺贝尔医学奖得主帕博（Svante Pääbo）早年发明的古DNA淬取技术，已经证明福建龙岩的奇和洞人，就是8000年前的南岛语族，也是所有南岛语族的祖先。
蔡正元强调，台湾的原住民，就是6500年前，从中国福建移居台湾的奇和洞人后代，台湾原住民去中国大陆祭祖，才是名正言顺。
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