针对《军人待遇条例》修正案未经覆议、并由总统府公告实施，林浊水28日在脸书发文表达强烈不满。他批评，修法过程显示朝小野大情势下，行政部门失去制衡权力，国会反而「上身下放」，掌握政策决定权却不需负政治责任，恐为国家治理带来长远隐忧。
林浊水指出，蓝白阵营主张军人待遇修法是基于国安情势严峻、需鼓励从军，然而实际上台湾已恢复义务役制度，是否应再以高薪吸引志愿役，值得讨论。
他质疑，与其提高薪资，是否应优先考虑军人的生命安全保障，尤其当立法院同时削减冻购武器预算，对军人安全保障反而形成矛盾。
林浊水并以新加坡为例指出，该国2024年人均所得为89,370美元，兵役两年；反观台湾仅39,383美元，役期仅一年，但义务役薪资却在蓝白修法下超越新加坡，质疑政策合理性与长期可持续性。
针对民进党未提出覆议，林浊水表示，主因在于朝小野大的政治结构下，总统无否决权，覆议等于徒劳无功。他并指出，即使寻求释宪也已行不通，在「大罢免」情势压力下，执政党选择不再抵抗，以降低罢免推动的政治风险。
林浊水忧心，这样的发展将体制从过去行政主导的「行政院立法院化」，转变为立法主导、行政机构仅成「立法院执行局」，形成权责失衡。他直言：「这是蓝既掌握国会，却不必负责任时，国家的下场。」
他回顾宪政变革历史，批评当年取消国会对行政院长的同意权时，有人形容是「一套西装换四条内裤」，总统可为所欲为。然而他当时就曾警告，若总统无法掌控国会却仍采总统制，将出现重大危机，如今果然应验。他嘲讽修宪结果让总统与国会「双双穿著内裤上阵」，丧失制度体统。
对于当前大罢免的政治布局，林浊水也表达忧虑指出，原本试图借此改变朝野局势，但民意风向未明，恐反遭反噬。他呼吁，民进党应正视体制失衡问题，勇于推动真正稳定国家的修宪工程，即便艰难也须扛起历史责任，否则连「苟安」都难求。
