民间研究团体IORG公布报告指出，去（113）年在中共官方支持下的两岸宗教交流至少举办116场活动，约40间台湾寺庙赴中与会，其中逾半数集中于福建省，主题多为妈祖、宗族祖先及黄帝祭祀等情形，2024年有逾1万6000台湾人赴中参加此类宗教活动。
内政部指出，宗教活动在中国政治体制下，长期被视为统战的重要工具。近年中共以「湄洲妈祖祖庙」为核心节点，强化其作为「对台信仰原乡」的象征地位，借由邀请台湾宫庙赴陆进香、分灵、参与所谓「世界妈祖文化论坛」等活动，建立情感与宗教链结，塑造「回祖访根」「血脉同源」的政治叙事。这些活动表面上是宗教与文化交流，实际上却被包装为统战工程的一环，用以传递「两岸同属一中」、「两岸一家亲」、「文化同源终将统一」等政治讯息，淡化台湾的主体意识与宗教自主性。
内政部进一步说明，依海基会统计，自2019年至今接获14件国人因宗教信仰，在对岸受拘禁、限制人身自由之陈情案件，近年来则是几乎每月都有，类型以一贯道最多。为协助团体掌握行程风险并保障安全，内政部已建置「赴中国交流资讯公开专区」。上线至今宗教团体共有67家、共 2,971 人次登录，主要交流地点仍以福建省为主，团体以妈祖与宗庙类别居多。内政部建议，宗教团体若有赴中行程，应事前审慎评估必要性，并于专区完成登录，以利政府在突发状况时能即时提供协助与联系，确保人员安全。
内政部强调，政府一向尊重宗教信仰自由与民间交流，但相关活动应建立在对等、尊重与自主的基础上，确保宗教交流回归信仰与文化本质，不被政治目的操弄。倘涉及违反《两岸条例》、《反渗透法》或《国家安全法》等规定，相关机关将依法查处，以维护宗教纯正性与国家安全。
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