三中案中，二审除马英九获判无罪，张哲琛、汪海清等也都维持无罪判决，另蔡正元及其妻子洪菱霙、岳父洪信行涉业务侵占部分，仅蔡正元有罪，维持一审3年6月徒刑、《商业会计法》判刑6月，得易科罚金18万元等刑度，但未扣案的犯罪所得没收部分由原审2.8亿余元撤销改为2亿3919万7983元没收，以及洪菱霙因蔡正元违法取得的未扣案4113万元没收，参与人财团法人文清福慧传世基金会的财产不予没收。洪菱霙、洪信行父母仍维持无罪判决。
三中案缘于马英九于2005年间担任国民党主席时，国民党处理不当党产，外加《广电法》修法限时要求党政军退出媒体，国民党因此决定出脱三中（中视、中影、中广）等党产。不过，马英九与时任中投董事长张哲琛与总经理汪海清被控在交易过程中，被质疑以低价及非常规交易等手法出脱党产，导致国民党损失高达72亿余元，隔年，绿委游锡堃、柯建铭等人认为国民党贱卖党产，于是告发马英九等人。马英九于2008年当选总统并连任，2014年间，最高检察署特侦组则以查无不法签结全案。
直到2016年马英九卸任总统，绿营执政后，特侦组于2017年初解散，北检重启调查三中案，隔年7月，北检则依《证交法》非常规交易、特别背信罪及《刑法》背信等罪起诉马英九、中央公司前董事长张哲琛、前总经理汪海清3人，指控马等人透过旗下华夏公司股权交易，贱卖三中及旧党部大楼，导致国民党损失72亿余元。北检当时开记者并公布国民党内部会议录音，指汪海清等人为求自保，偷偷录下马英九与部属、国民党高层间的对话。
检方根据相关录音内容等证据，认定国民党贱卖中视，导致中投、光华公司损失4.9亿元，中影交易损失18亿元，中广交易损失15亿元，中广应收股款交易损失28亿元，再加上旧党部大楼交易案，共损失72亿余元。
马英九于北院审理时表示，当时有党政军退出媒体条款限制此，中投公司评估利弊得失后，包裹出售旗下华夏公司股权，此决定不仅遵守法律规范，也符合国民党利益，其他交易并无参与也不知情，当时下指示时，一再要求相关程序必须合法，并经律师确认无误，绝无违法。
至于录音档部份，台北地院勘验后指出，录音内容为买卖双方谈判过程中的言语交锋，也有马英九、张哲琛、汪海清3人基于自身地位发表意见，过程中或许有情绪发言或曲折委婉而暗喻玄机，必须仔细聆听语意情境及真意，才能判断可否成为本案证据。因此，合议庭认为，三中交易过程都是经过公司内部评估，并请会计师就交易价格是否合理表示意见，再经董事会追认，并未违反相关规定。
合议庭最后认定，马英九虽在谈判时介入协调，但最后只说，「就是基本上不违法，然后能够走完的，就这么简单。」无法认定马英九主导并下令张哲琛、汪海清进行违法交易，2011年11月判马英九等3人无罪。全案上诉二审，高院历经4年审理后，今仍判马英九3人无罪。高检署则表示，研议提起上诉。
