和一般的大联盟球员不同，山本由伸几乎不做重量训练，队友维西亚（Alex Vesia）就曾：「当我在健身房做重训时，山本伸却在瑜珈垫上做瑜珈，还把自己的背反折成弓，我都看傻了！」
山本由伸这套独门训练方式，是由日籍训练师矢田修设计，核心理念为「5B」，也就是呼吸（Breath）、棒（Bar）、碗（Bowl）、板（Board）、桥（Bridge）。
在这5个核心理念下，衍生出超过300种训练动作，目的是学习到自然运动方式来增强自主神经系统的功能，不但能提升运动能力，也有助于舒缓疲劳和疼痛。
矢田修表示，运动员就是一颗树，最重要的是树干，「我做的，就是帮山本建立强壮且有韧性的树干。」
矢田修也透露山本由伸可以连投两天的秘诀，他说：「让一块肌肉100%出力很容易，但容易疲劳，但山本做的是，让600块不同的肌肉同时用10%的力量，相形之下省力很多。」
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