《零日攻击》先后获得文化部汇聚台流文化黑潮计划补助7131万新台币、国发基金投资4170万新台币，在制作阶段就获得极高关注，不过开播之后，剧中叙事却多次遭到抨击。
近期剧情演到郑成功上身到一名乩童上，并说自己当初来到台湾，造成生灵涂炭、血流成河，向过去带来以闽南为主、客家为次的汉人移民，杀害原住民的历史忏悔道歉，更说自己因此无法「成魂」。
不仅如此，接下来剧中的「郑成功」还提到，「如今两岸烽火再起，两败俱伤，到时亡者会抓交替」，相关剧情再度引发争议。
有观众提到，剧中事件应指1670年，明郑对大肚王国进行压制，引发平埔族沙辘社的抵抗，最终沙辘社几乎被屠杀殆尽。但问题是，郑成功在来台不久之后，于1662年就病逝，与该惨案并无关联。
其他网友则说，「过世8年还要算郑成功头上...」、「纳税钱补助XX剧」、「杀原住民跟他（郑成功）有何关联」，甚至有人认为「这是把自己的想像硬灌在人家身上吧」、「警告原住民乖乖听话，不然就历史重演」。
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