安永移转订价服务经理谭聿婷表示，若企业当年度总收入达新台币30亿元，且全年跨境受控交易金额达15亿元，即须提交集团主档报告。若集团最终母公司设立于台湾，且前一年度合并营收达270亿元者，也应申报国别报告。至于集团最终母公司设于境外者，当该国与台湾未签订交换协议或资讯交换机制无法运作时，我国境内企业若达同样门槛，仍须代为申报国别报告。
谭聿婷进一步指出，国税局查核重点包括集团各地区关系人收入、资产或员工贡献与利润比例，以及有效税率与获利变动情形。企业应密切关注是否存在利润过高、税负偏低或收入分配不对等的风险，并检视是否与实际营运活动相符。此外，对于集团内部服务交易，应完整保存服务内容与定价合理性资料；如有一次性价格调整，须依108年财政部令揭露与备查，避免因资料不足而遭罚。
谭聿婷强调，企业应定期检视子公司损益与功能定位，并调整移转订价政策；在编制主档、地区档及国别报告时，更需确保财报、合约与申报资料前后一致，避免资讯不符引发税务机关质疑。
安永移转订价服务执业会计师林志仁指出，近年来移转订价制度已与BEPS 2.0及CFC（受控外国公司）制度交互作用，形成更高的合规压力与不确定性。企业若涉及多国所得课税争议，可透过双边预先订价协议（BAPA）或相互协议程序（MAP）与租税协定国进行协商，避免重复课税。
除了税务查核压力，近期国际贸易政策变动也成为新挑战。林志仁表示，美国潜在关税上调已影响跨国企业营运结构，特别是进口关系企业成本提高，进而压缩利润与改变集团利润配置。他建议企业可考虑三大因应方案：其一为「首次销售原则」（First Sale For Export），即以出口制造商的价格作为完税依据，有助降低关税负担；其二为排除进口商品中的权利金价值，第三则是将出口商转为合约制造商，转移利润分配节点。
林志仁强调，企业应全面检视关系企业功能与风险分担、交易合约与定价依据，并重新评估现行移转订价政策的适当性。同时应建立完整因应资料，包含外部政策冲击与其对集团利润与价格分配影响的说明，以备未来面对税务机关查核。
随著全球反避税规范与贸易政策频繁变动，企业唯有持续调整策略、强化内部文据与制度建构，才能降低潜在的补税与罚锾风险，确保国际营运稳定发展。
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