根据疾管署监测，第23周（6月1日至6月7日）全台因肠病毒到门急诊就医人次达5166人，比前一周的4727人增加了9.3%，疫情有升温趋势。近4周检验结果显示，社区中主要流行的是伊科病毒11型，其他还包括克沙奇A6、A16和A2型，显示病毒类型多样，传播风险仍在。
截至目前，2025年全台已累计6例肠病毒重症病例，包含3例不幸死亡。其中5例感染的是伊科病毒11型，另1例是克沙奇B5型，有4例是出生不到1个月的新生儿，重症病例数已创下近6年来同期最高纪录。疾管署呼吁家长务必警觉，留意新生儿与幼童出现嗜睡、活力不佳、喝奶变少等肠病毒警讯。
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疾管署提醒，伊科病毒11型是造成新生儿重症甚至死亡的主因之一，准妈妈若在产前14天到产后期间出现发烧、腹泻、呼吸道症状等，应立即告知医师，并与新生儿保持适当隔离。因成人常无明显症状，却可能是传染源，家中有孕妇与婴儿者应落实手部与环境清洁，避免传播。
肠病毒感染初期症状可能不明显，但若未及时治疗，恐发展为心肌炎、肝炎、脑炎，甚至多重器官衰竭，危及生命。医疗机构、产后护理之家、托婴中心也须强化防疫措施，减少病毒扩散。疾管署强调，5岁以下婴幼儿是重症高风险族群，一旦出现呼吸急促、肌肉抽动、持续呕吐等异常症状，应尽速送医。民众若有疑问可拨打1922防疫专线咨询。
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