县府初步统计，本次灾情对农粮及畜牧业造成重大损失：
畜牧业部分：一处养禽场2栋禽舍、管理室及堆肥舍全毁，约3,000只肉鸡流失；一处肉牛场全区遭洪水与泥沙淤积，80只仔牛泡水，其中10只死亡，另放牧区约120只肉牛遭洪流冲失；另有蛋鸡场与养禽场全区受淤积影响，损失持续清查中。整体初估经济损失约新台币1,600万元。
农粮作物部分：截至9月25日，灾损面积达259.92公顷，损失金额约1,147万7,000元。其中水稻受灾最严重，约131.86公顷（光复130公顷、凤林1.5公顷、玉里0.36公顷）；其次为大豆81.09公顷（玉里25.59公顷、寿丰20公顷、光复20公顷、凤林15.5公顷）。
农田埋没：合计304.37公顷，损失金额高达2亿4,349万6,000元，其中光复乡即占300公顷，其他分布于凤林、玉里、富里及寿丰。
县长徐榛蔚指出，农业部已于9月25日公告光复乡全品项救助及全县大豆救助，县府农业处持续进行全县勘查，争取第二次公告救助。县府也已动员防疫所支援药剂与消毒设备，并向农业部争取启动天然灾害现金救助及低利贷款等补助措施，协助业者重建。
县府呼吁，马太鞍溪沿岸畜牧及农业业者应持续关注河川水位与后续降雨，并保持与当地公所及防灾单位密切联系。如有畜禽死亡，请即刻通报乡镇公所或县动植物防疫所，以利后续救助与防疫工作，共同守护花莲农业与畜牧产业安全。
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