起诉书指出，林宜瑾从担任第16届台南县议员开始，历经县市合并后的第一届到第三届市议员，以及转战立法院后的第10届、11届立委任期期间，涉嫌以人头助理方式，将非公费助理申报为公费助理及申报薪资，又将公费助理薪资低薪高报等诈领助理费，做为服务处及个人支出所用，不法所得高达1412万7388元；另外挂名助理部分则构成伪造文书罪嫌。
检方表示，林宜瑾涉犯贪污治罪条例「利用职务上机会诈取财物」、刑法「使公务员登载不实罪」，林宜瑾在侦查期间坦承犯行，并分两次缴回500万及912万7388元等15年内所有犯罪所得，得减轻其刑，今天侦查终结，检方将林宜瑾及黄姓服务处主任「利用职务上机会诈取财物」、「使公务员登载不实罪」提起公诉，黄姓主任被依伪证罪起诉，另外13人获缓起诉、4人不起诉。
林宜瑾也在脸书发文，称自己认罪并在起诉前主动缴回所有相关金额，是应该承担的责任，也还给社会一个交代，28年的民意代表于公于私，都对得起选民与亲友，过去制度长年存在模糊地带，许多办公室运作产生不当惯例，这不能当作借口，因此愿意承担错误，期待未来制度面有所调整，避免相同案例一再发生，未来将以更谦卑的态度面对社会与司法，尽力弥补所造成的遗憾。
54岁的林宜瑾是野百合学运出身，近年担任多场民进党大型造势场合主持人，曾担任立委洪奇昌、苏焕智等人的国会助理、赖清德国大代表服务处主任等，1998年起参选县市议员选举，南市合并前后连任6届市议员，2020年转战立委成功，现在是第二届任期，她个性豪爽、风格呛辣，基层实力不俗，近年争议不断影响风评，这次涉助理费遭起诉，政治生涯恐受挫。
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