陈智菡发文表示，审判独立乃自由民主宪政秩序权力分立与制衡之重要原则，为实现审判独立，司法机关应有其自主性，但在柯文哲案交叉诘问证人邵琇珮的法庭上，却听到法官说「这个在上级审也有想了解的部分」。
这让陈智菡困惑「不是还在一审厘清案情吗？怎么突然跳到上级审去了？」并质疑「难道在三位承审法官背后，还有一堆上级法官在联合指导办案？」还是有很多法官开始摩拳擦掌、在准备柯案二审程序？直言「柯文哲案庭愈开愈多，法官角色似乎逐渐和检方重叠甚至混淆。」
而邵琇珮为何明明一再供称「并没有『明知违法』而为之，最后却认了罪？」这一题被审判长制止发问，陈智菡质疑，为何不能问？邵琇珮的自白是本案认定相关被告是否有「图利」关键，「既然证人多次在法庭上证称自己没有图利的意图与事实，那追问确认以厘清案情有何不可？法官为何要制止？」
另外，陈智菡也提到昨天两位法官甚至比检察官问的还积极，一位问「适法性」为何没处理？这个邵琇珮反复回答过了，另一位法官则不断追问对价性，但明明京华城用的是都市计划法第24条，许法官却一直要引用土管办法来类比，「试问，如果检方跟法官现在还在搞不清楚是违背哪条法令，是不是已经证明了根本没有人明知违法而为之？」
另外，「上级审也有想了解的部分」，谁是上级？谁在准备上级审？宪法第八十条规定法官必须依据法律独立审判，法官仅受法律之拘束，不受其他任何形式之干涉，所谓任何形式，应该包含上级吧，陈智菡强调「法官应唯本良知，依据法律独立行使审判职权。检察官则是依刑事诉讼法执行职务，与法官之审判独立尚属有间」。
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