台肥目前最大股东为农业部、持股比例达24.07％，泛公股的合库、国营事业中华邮政也分别持股达4％及3.9％，新制劳退也持有1.31％。
农业部派到台肥的法人董事共有五人；依台肥资料显示，原为李孙荣、庄老达（农业部资源永续利用司司长）、刘志成（国立台湾科技大学化工系退休教授）、曾湘桦（保证责任高雄市春上香运销合作社理事主席）、黄秉专（台肥台中厂业务组运销课代理课长）。
不过，台肥10月31日晚间先无预警公告，法人董事代表人将由行政院中部联合服务中心副执行长吴音宁接任，取代原农业部派任的李孙荣，公布后即生效，震惊外界。
卓荣泰今天受访表示，国营事业的董事长选任都有法定的程序，台肥公司今天会召开董事会，董事会的最后决定，才是该公司最终的决定。
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舍弃吴音宁！台肥董座临阵换人 名嘴：卓荣泰救了自己
